[EDIT main, programarsalidastask, hilo principal iniciando a las 06:00]

src/salidasautomaticas/main/Main.java

@@ -24,7 +24,7 @@ public class Main {
         setLogLevel(Level.INFO);//PRODUCCION    
         log.info("Inicializando programa [Salidas Automaticas]...");
   
-        Date horaInicio = Metodos.getHoraEjecucion("12:30");
+        Date horaInicio = Metodos.getHoraEjecucion("06:00");
         int periodo = 86400000;//El codigo se ejecutará cada 24h, 86400000 representa 24h en milisegundos
         
         TimerTask task = new ProgramarSalidasTask();

src/salidasautomaticas/schedule/ProgramarSalidasTask.java

@@ -5,6 +5,7 @@
  */
 package salidasautomaticas.schedule;
 
+import java.time.LocalDateTime;
 import java.time.LocalTime;
 import java.util.Date;
 import java.util.Iterator;
@@ -30,6 +31,8 @@ public class ProgramarSalidasTask extends TimerTask {
 	public void run() {
 
 		try {
+			LocalDateTime hoy = LocalDateTime.now();
+			log.info("Obteniendo la lista de horarios [" + hoy.toString() + "]");
 			JSONArray listaHorarios = service.obtenerHorariosSalida();
 
 			Timer timer;
@@ -51,7 +54,7 @@ public class ProgramarSalidasTask extends TimerTask {
 
 					log.trace("Timer " + timer);
 				} else {
-                    log.trace("Ya pasó la hora " +horaSalida);
+					log.warn("No se programa la hora de salida " + horaSalida + ", porque ya ha pasado la hora");
 				}
 			}